污染問題就是在試驗發(fā)展過程中偶然發(fā)生的DNA轉(zhuǎn)移。PCR過程存在以下三個方面可能的污染源：環(huán)境中基因組DNA造成的樣本污染；DNA提取階段樣本間的污染；前一次PCR反應(yīng)擴增產(chǎn)物的污染。第一種污染源很大影響程度取決于犯罪活動現(xiàn)場樣本的采集和證據(jù)采集人員需要采取的防護措施。環(huán)境污染只能在一定程度上用“載體對照”的方法進行監(jiān)控。其他兩個數(shù)據(jù)來源的污染不僅可以同時自己遵守法律規(guī)范的實驗操作系統(tǒng)程序和劃分社會工作目標區(qū)域來控制，甚至消除。

建立陰性對照和檢測 PCR 試劑和試管的污染，可以監(jiān)測實驗室污染的存在。陰性對照是指在整個司法樣本測試過程中對一個空白樣本進行測試。作為陰性對照，在 PCR 反應(yīng)體系中加入與其他樣本中 DNA 模板相同量的純水。如果在陰性對照中檢測到任何 PCR 產(chǎn)物，則應(yīng)在下一步之前識別并消除污染。

在對 PCR 污染可能來源的系統(tǒng)檢查中，Henry Lee 和他的同事發(fā)現(xiàn) PCR 污染在正常的司法環(huán)境中不會發(fā)生。他們使用反向 DOT 印跡來檢測 AmpliType PM 和 DQA1系統(tǒng)，并檢測了 PCR 過程中可能的四個污染步驟: PCR 擴增設(shè)備、 PCR 產(chǎn)物處理、氣溶膠和 DNA 保存。在這些中，只有在嚴重違反實驗室采取的保護措施的情況下，才會發(fā)生可檢測到的污染。他們得出的結(jié)論是，只是粗心大意地采取行動不會導致污染的發(fā)生。